Doba trvání mikroprojektů je zpravidla 12 měsíců. Pouze v případě složitějších mikroprojektů může být doba trvání 18 měsíců.
Na základě rozhodnutí MMR ČR v odůvodněných případech, kdy je znemožněno realizovat aktivity v projektu z důvodu epidemiologického nebezpečí, je možné realizovat mikroprojekt po dobu delší než 18 měsíců.
Každý takový případ bude posuzován individuálně, po konzultaci se sekretariátem. Tyto změny podléhají schválení Euroregionálního řídícího výboru.